В налаштування iTunes немає можливості задати шлях до папки із резервними копіями. На форумі найшов ідею створення ссилки

Переносимо дані з c:\Users\<user name>\AppData\Roaming\Apple Computer\MobileSync/Backup на  D:\Backup та в cmd із під адміністратора виконуємо

mklink /D Backup D:\backups